academic-agent-toolkit
Health Pass
- License — License: NOASSERTION
- Description — Repository has a description
- Active repo — Last push 0 days ago
- Community trust — 10 GitHub stars
Code Pass
- Code scan — Scanned 12 files during light audit, no dangerous patterns found
Permissions Pass
- Permissions — No dangerous permissions requested
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250+ academic Agent skills + orchestration engine: math modeling · paper writing · LaTeX · scientific figures · literature review · IP drafting. Host-agnostic (any Agent), quality gates + audit evidence chain. CC-BY-NC-4.0.
[!TIP]
一句话:给它一道竞赛题、一个研究任务或一份代码仓库,它按专业作业规程(250 个随仓技能)自主完成
建模 → 编码 → 绘图 → 写作 → 审稿 → 编译 → 交付审计的全流程——每一步产物可复现、可审计、可追溯。
✨ 为什么不是又一个提示词合集
🧠 技能即知识每个 |
⚙️ 引擎只编排
|
🚧 门禁保质量页数、伴随文件、产物大小、审稿证据——每步产出强制过 named gates,不达标自动重做。论文里的图表没有数据来源?过不了 |
🔍 三层审计L1 拦截式审计在可选宿主适配器(OpenCode 插件 / ZCode hook)就位时逐条记录工具调用;无宿主 hook 时 L1 如实降级为 unavailable。L2 编排留痕 + L3 执行申报始终可用,交叉比对让"伪造审核产物"无处遁形。 |
🗺️ 六大能力域 + Agent 运行时 · 313 项能力
| 能力域 | 条目 | 代表能力 | |
|---|---|---|---|
| 🎓 | 课程与研究材料 | 83 | 课程论文 · 实验报告 · 教学大纲 |
| 📝 | 学术论文 | 75 | 写作 · 评审 · 润色 · 投稿准备(含 Nature 工作流) |
| 🔬 | 文献与研究 | 41 | 文献检索 · 综述 · 深度研究 · 实验设计 |
| 🏆 | 数模竞赛 | 37 | CUMCM 14 步端到端流水线 |
| 📊 | 图表与文档生产 | 63 | 期刊级科研绘图 · 信息图 · LaTeX |
| ©️ | 知识产权材料 | 12 | 软著 · 专利 · 基金申请书 |
| 🧩 | Agent 运行时 | 2 | 宿主无关自举 · 自适应工具铸造 |
域表与
capabilities/catalog.json对齐:37/75/41/83/12/63/2 = 313(与徽章一致;2026-09-24 复核实测)。
📊 科研绘图栈(v1.1 新扩展,9 个上游技能)[!NOTE]
技能计数口径(唯一):徽章与正文统一为git ls-files口径的技能 SKILL.md 数(clone 即所见);另有 5 个无 License 上游隔离件仅存本地、gitignored 不入库,不计入。
| 层 | 技能 | 能做什么 |
|---|---|---|
| 期刊规范 | scientific-visualization |
多面板布局 · 误差棒 · 显著性标注 · 色盲安全 · PDF/EPS/TIFF 导出 |
| 绘图库 | matplotlib seaborn plotly |
底层定制 · 统计图形 · 交互式图表 |
| 确定性图 | fig-spec graphviz mermaid |
JSON→SVG 架构图 · 依赖图 · 流程图 |
| 编辑级图 | diagram-design |
39 类品牌图(Sankey/鱼骨/Wardley/UML/ER…)· 重绘 drawio/mermaid 源 · MIT |
| 视觉论证 | excalidraw-diagram infographics scientific-schematics |
手绘风论证图 · 信息图 · 科学示意图 |
| 既有沉淀 | paper-figure-nature + 62 篇获奖论文实证规范 |
Nature 级排版与配色 |
全部集成带 pinned-commit 溯源(UPSTREAM.md 台账 + vendor,tools/check_provenance.py 一键校验 117/117)。
🏗️ 架构
flowchart LR
U["👤 用户任务"] --> A
subgraph A["🤖 Agent(执行者)"]
S["📖 读取 SKILL.md<br/>专业作业规程"]
end
A -->|"执行工具调用"| W["🛠️ 产物<br/>论文 · 代码 · 图表"]
A <-->|"complete_step<br/>执行证据申报"| E
subgraph E["⚙️ Engine(只编排,不执行)"]
R["workflow_runner<br/>状态机"] --- G["quality_gates<br/>质量门禁"]
G --- M["step_manifest<br/>输入输出哈希"]
M --- AU["audit_store<br/>审计存储"]
end
W -->|"每步强制过门禁"| G
E -->|"审计证据链"| D[(".engine/<br/>evidence · operations.jsonl")]
🚀 快速开始(宿主无关)
任何能读文件、能执行 Python CLI 的 Agent 都可以驱动本项目——Claude Code / Cursor / Gemini CLI / MiMo Desktop / OpenCode / ZCode / 自写脚本。
git clone https://github.com/FOURTEEN1416/academic-agent-toolkit.git
cd academic-agent-toolkit
python -m pip install -r requirements-dev.txt # 第 0 步:测试/门禁依赖(在仓库根跑,别先 cd 进子目录)
cd academic-toolkit
python -m engine.workflow_cli boot
python -m engine.workflow_cli probe
- 读仓库根
AGENTS.md与academic-toolkit/AGENTS.md boot取得驱动契约;probe查看能力与 TOOL_GAP- 缺工具时
python -m engine.workflow_cli forge --tool <name> --purpose "..." - 竞赛/长流程:
start --template comp_cumcm→next→ 执行 →complete - 单技能:按路由表读
skills/<name>/SKILL.md
自举:academic-toolkit/skills/agent-bootstrap/ · 铸造:academic-toolkit/skills/tool-forge/
适配器:协议不依赖;需要适配器元数据时 python -m engine.workflow_cli forge --adapter <name> 本地生成
[!IMPORTANT]
路径卫生(PUBLIC 仓):trackedopencode.json的 MCPcommand与DOCSEARCH_ROOTS使用可移植占位符(${DOCSEARCH_MCP_SERVER}/${DOCSEARCH_ROOTS})。docsearch MCP 装在宿主用户目录时,操作员须在本地设置未提交的覆盖;勿将C:\Users\...、过期项目根路径写回 tracked 文件。宿主本地配置一律不入库。
直接下任务(任意 Agent):
"按 CUMCM 流程做这道 2024 年 B 题,数据在 data/ 下,输出国一格式论文。"
可选宿主适配器
| 适配器 | 用途 |
|---|---|
| OpenCode Desktop | 打开仓库根即可用 opencode.json(默认角色数模专家 + skills 扫描 + subagent 内联)。不依赖 opencode CLI |
| ZCode | cmd /c "mklink /J .zcode\skills academic-toolkit\skills" 后打开仓库根;L1 hook 按本地未提交配置注册(契约见 academic-toolkit/tests/test_zcode_host_compat.py D 段) |
| 其他 | 无需专用配置,按上文协议驱动;需要适配器元数据时 python -m engine.workflow_cli forge --adapter <name> 本地重建 |
环境要求
| 级别 | 组件 | 用途 | 安装 |
|---|---|---|---|
| 必装 | Python 3.11+ | 全部能力 | python.org |
| 必装 | Python 依赖包 | 测试与门禁(pytest / pypdf / ruff 等) | python -m pip install -r requirements-dev.txt(在仓库根执行;ruff 版本锁死,勿单独升级) |
| 必装 | TeX Live / XeLaTeX | 论文编译类能力 | texlive.org |
| 推荐 | Graphviz(dot) |
graphviz 技能 |
winget install --id Graphviz.Graphviz -e |
| 推荐 | mermaid-cli(mmdc) |
mermaid-diagram 技能 |
PUPPETEER_SKIP_DOWNLOAD=true bun install -g @mermaid-js/mermaid-cli(用系统 Edge/Chrome 需写 puppeteer 配置,见技能内说明) |
| 可选 | 多模态 LLM 图像生成后端 | infographics、scientific-schematics 两个 AI 绘图专属技能 |
export OPENROUTER_API_KEY=sk-... 或宿主原生 generate_image 后端;质量评审模型已按 2026-09-10 用户裁定配置(engine/modex-core/contest_models.json,四角色 agnes/agnes-2.5-flash) |
[!IMPORTANT]
AI 绘图技能(infographics / scientific-schematics)必须有多模态 LLM 图像生成后端——技能内置 Step 0 强制检测,缺后端会明确报错并给指引,不会用占位图冒充。其余绘图技能全部本地运行、零 API。
一键体检(本机能用哪些绘图技能、缺什么、怎么装):
python academic-toolkit/tools/plotting_env_check.py
验证安装(两种 pytest 口径,唯一真源 = pytest.ini 注释):
# 口径一(仓库根,回归门禁口径):773 passed / 0 failed(与口径二同值)
python -m pytest -q
# 口径二(工具箱内,技能验收基线口径):773 passed / 0 failed
cd academic-toolkit && python -m pytest -q
python tools/check_provenance.py # → 117/117 UPSTREAM+vendor 台账通过
🛡️ 质量与可信
| 机制 | 一句话 |
|---|---|
| 🚧 Named Gates | paper_consistency · citation_integrity · experiment_reproduc · figure_provenance · compilation_log |
| 🧾 STEP_MANIFEST | 每步记录输入/输出哈希、命令、配置、依赖——产物可复现 |
| 📜 Provenance 台账 | UPSTREAM.md + vendor(pinned commit + license)117/117 校验通过(URL 源强制哈希级 Pinned commit),外部集成的每一行代码都能回答"从哪来" |
| 🎯 私有基准层 | 真实竞赛题面基准仅本地私有,不入库、不随仓库分发 |
| ✅ 测试基线 | 仓库根 773 passed / 0 failed(另 3 skipped:私有资料区缺位语义 skip 2 + 适配器元数据缺席 skip 1;collect-only 776;仓库根与工具箱内同口径)。唯一真源 = pytest.ini 注释;覆盖宿主无关协议(boot/probe/forge)、可选适配器、状态机/门禁/审计 |
| 🧬 逐技能 C2 覆盖 | 技能 100% 登记 catalog 映射(schema 硬校验;含 agent-bootstrap / tool-forge 宿主无关能力);真实执行证据为主,外部依赖项诚实标注 blocked-by-dependency,零伪造 |
| 🧩 宿主无关协议 | workflow_cli boot/probe/forge + 宿主适配器(可选)+ TOOL_GAP→工具铸造 |
📁 仓库地图
academic-agent-toolkit/
├── academic-toolkit/ ★ 产品主体 skills · engine · tools · tests
├── capabilities/ 能力目录 catalog.json
├── SECURITY.md 安全策略
├── AGENTS.md Agent 入口:宿主无关驱动协议 + 适配器矩阵
└── CHANGELOG.md 版本记录
🔖 版本与许可证
v2.0.0(2026-09-23) —— 整仓彻底重构:套件目录 科研工具箱/→academic-toolkit/ · 技能命名法(139 件改名 + 9 对真重复合并,264→255)· 资产激活机制(asset_catalog 台账 + boot/probe/bootstrap 资产暴露 + 三方对账)· 私有资料区统一 assets-local/ · 第三方子项目独立 third_party/ · 上游 fork vendor/forks/ · 内容融入(287 自查表 / 范文包 / 板块提示词 / 88 色板)· 新增 award-paper-mining。破坏性变更,迁移指引见 CHANGELOG.md。(后续技能清洗与 GPL 件 clean-room 收编,现行 tracked 口径 250,见上方徽章。)
v1.3.0(2026-09-22) —— 宿主无关协议(boot/probe/forge + agents/adapters,旧宿主降为可选适配器)· 基线基础设施加固(secret_scan / lint_ratchet / duplicate_assets / 工具冒烟闸 + CI 加固)· 系统性升级五项(实战经验库 / 统一配色 / 技能触发审计)· 华为杯管线补齐(与国赛同构 14 步)· 四批并行收编。
v1.2.0(2026-08-30) —— 三条学术管线 C2 闭环 · 科研绘图域闭环。完整记录见 CHANGELOG.md。
| 范围 | 许可证 |
|---|---|
| 仓库核心(技能/工具/引擎/配置) | CC-BY-NC-4.0(+ 附加限制:禁商用 · 禁 AI 训练) |
| 历史基准集(已于 2026-09-19 移除,不随仓库分发) | 曾以 CC-BY-4.0 发布 |
| Vendored 第三方组件 | 随各自许可证,见各目录 UPSTREAM.md / LICENSE |
🙏 致谢
本项目的科研绘图与学术能力站在这些优秀开源项目的肩膀上(均为 pinned-commit 集成):
K-Dense-AI/scientific-agent-skills ·
foryourhealth111-pixel/Vibe-Skills ·
synthetic-sciences/openscience ·
wanshuiyin/Auto-claude-code-research-in-sleep ·
cathrynlavery/diagram-design ·
markdown-viewer/skills ·
coleam00/excalidraw-diagram-skill ·
fanbuz/codesucker
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