academic-agent-toolkit

agent
Guvenlik Denetimi
Gecti
Health Gecti
  • License — License: NOASSERTION
  • Description — Repository has a description
  • Active repo — Last push 0 days ago
  • Community trust — 10 GitHub stars
Code Gecti
  • Code scan — Scanned 12 files during light audit, no dangerous patterns found
Permissions Gecti
  • Permissions — No dangerous permissions requested

Bu listing icin henuz AI raporu yok.

SUMMARY

250+ academic Agent skills + orchestration engine: math modeling · paper writing · LaTeX · scientific figures · literature review · IP drafting. Host-agnostic (any Agent), quality gates + audit evidence chain. CC-BY-NC-4.0.

README.md

⚗️ Academic Agent Toolkit

academic-toolkit · 让 Agent 像科研人员一样工作

一套带质量门禁、审计证据链与溯源台账的科研 Agent 工程系统

Release
Tests
Capabilities
Skills
License
Python
Hosts


[!TIP]
一句话:给它一道竞赛题、一个研究任务或一份代码仓库,它按专业作业规程(250 个随仓技能)自主完成
建模 → 编码 → 绘图 → 写作 → 审稿 → 编译 → 交付审计的全流程——每一步产物可复现、可审计、可追溯

✨ 为什么不是又一个提示词合集

🧠 技能即知识

每个 skills/<name>/SKILL.md 是一份可执行的专业作业规程——含工具调用、输出契约、门禁标准。Agent 读完后自主执行,而非等逐步指令。

⚙️ 引擎只编排

engine/ 是状态机不是执行者:workflow 状态推进、质量门禁、STEP_MANIFEST 溯源、审计存储。执行永远在 Agent,记忆永远在引擎。

🚧 门禁保质量

页数、伴随文件、产物大小、审稿证据——每步产出强制过 named gates,不达标自动重做。论文里的图表没有数据来源?过不了 figure_provenance 门。

🔍 三层审计

L1 拦截式审计在可选宿主适配器(OpenCode 插件 / ZCode hook)就位时逐条记录工具调用;无宿主 hook 时 L1 如实降级为 unavailable。L2 编排留痕 + L3 执行申报始终可用,交叉比对让"伪造审核产物"无处遁形。

🗺️ 六大能力域 + Agent 运行时 · 313 项能力

能力域 条目 代表能力
🎓 课程与研究材料 83 课程论文 · 实验报告 · 教学大纲
📝 学术论文 75 写作 · 评审 · 润色 · 投稿准备(含 Nature 工作流)
🔬 文献与研究 41 文献检索 · 综述 · 深度研究 · 实验设计
🏆 数模竞赛 37 CUMCM 14 步端到端流水线
📊 图表与文档生产 63 期刊级科研绘图 · 信息图 · LaTeX
©️ 知识产权材料 12 软著 · 专利 · 基金申请书
🧩 Agent 运行时 2 宿主无关自举 · 自适应工具铸造

域表与 capabilities/catalog.json 对齐:37/75/41/83/12/63/2 = 313(与徽章一致;2026-09-24 复核实测)。

[!NOTE]
技能计数口径(唯一):徽章与正文统一为 git ls-files 口径的技能 SKILL.md 数(clone 即所见);另有 5 个无 License 上游隔离件仅存本地、gitignored 不入库,不计入。

📊 科研绘图栈(v1.1 新扩展,9 个上游技能)
技能 能做什么
期刊规范 scientific-visualization 多面板布局 · 误差棒 · 显著性标注 · 色盲安全 · PDF/EPS/TIFF 导出
绘图库 matplotlib seaborn plotly 底层定制 · 统计图形 · 交互式图表
确定性图 fig-spec graphviz mermaid JSON→SVG 架构图 · 依赖图 · 流程图
编辑级图 diagram-design 39 类品牌图(Sankey/鱼骨/Wardley/UML/ER…)· 重绘 drawio/mermaid 源 · MIT
视觉论证 excalidraw-diagram infographics scientific-schematics 手绘风论证图 · 信息图 · 科学示意图
既有沉淀 paper-figure-nature + 62 篇获奖论文实证规范 Nature 级排版与配色

全部集成带 pinned-commit 溯源UPSTREAM.md 台账 + vendor,tools/check_provenance.py 一键校验 117/117)。

🏗️ 架构

flowchart LR
    U["👤 用户任务"] --> A
    subgraph A["🤖 Agent(执行者)"]
        S["📖 读取 SKILL.md<br/>专业作业规程"]
    end
    A -->|"执行工具调用"| W["🛠️ 产物<br/>论文 · 代码 · 图表"]
    A <-->|"complete_step<br/>执行证据申报"| E
    subgraph E["⚙️ Engine(只编排,不执行)"]
        R["workflow_runner<br/>状态机"] --- G["quality_gates<br/>质量门禁"]
        G --- M["step_manifest<br/>输入输出哈希"]
        M --- AU["audit_store<br/>审计存储"]
    end
    W -->|"每步强制过门禁"| G
    E -->|"审计证据链"| D[(".engine/<br/>evidence · operations.jsonl")]

🚀 快速开始(宿主无关)

任何能读文件、能执行 Python CLI 的 Agent 都可以驱动本项目——Claude Code / Cursor / Gemini CLI / MiMo Desktop / OpenCode / ZCode / 自写脚本。

git clone https://github.com/FOURTEEN1416/academic-agent-toolkit.git
cd academic-agent-toolkit
python -m pip install -r requirements-dev.txt   # 第 0 步:测试/门禁依赖(在仓库根跑,别先 cd 进子目录)
cd academic-toolkit
python -m engine.workflow_cli boot
python -m engine.workflow_cli probe
  1. 读仓库根 AGENTS.mdacademic-toolkit/AGENTS.md
  2. boot 取得驱动契约;probe 查看能力与 TOOL_GAP
  3. 缺工具时 python -m engine.workflow_cli forge --tool <name> --purpose "..."
  4. 竞赛/长流程:start --template comp_cumcmnext → 执行 → complete
  5. 单技能:按路由表读 skills/<name>/SKILL.md

自举:academic-toolkit/skills/agent-bootstrap/ · 铸造:academic-toolkit/skills/tool-forge/
适配器:协议不依赖;需要适配器元数据时 python -m engine.workflow_cli forge --adapter <name> 本地生成

[!IMPORTANT]
路径卫生(PUBLIC 仓):tracked opencode.json 的 MCP commandDOCSEARCH_ROOTS 使用可移植占位符${DOCSEARCH_MCP_SERVER} / ${DOCSEARCH_ROOTS})。docsearch MCP 装在宿主用户目录时,操作员须在本地设置未提交的覆盖;勿将 C:\Users\...、过期项目根路径写回 tracked 文件。宿主本地配置一律不入库。

直接下任务(任意 Agent):

"按 CUMCM 流程做这道 2024 年 B 题,数据在 data/ 下,输出国一格式论文。"

可选宿主适配器

适配器 用途
OpenCode Desktop 打开仓库根即可用 opencode.json(默认角色数模专家 + skills 扫描 + subagent 内联)。不依赖 opencode CLI
ZCode cmd /c "mklink /J .zcode\skills academic-toolkit\skills" 后打开仓库根;L1 hook 按本地未提交配置注册(契约见 academic-toolkit/tests/test_zcode_host_compat.py D 段)
其他 无需专用配置,按上文协议驱动;需要适配器元数据时 python -m engine.workflow_cli forge --adapter <name> 本地重建

环境要求

级别 组件 用途 安装
必装 Python 3.11+ 全部能力 python.org
必装 Python 依赖包 测试与门禁(pytest / pypdf / ruff 等) python -m pip install -r requirements-dev.txt在仓库根执行;ruff 版本锁死,勿单独升级)
必装 TeX Live / XeLaTeX 论文编译类能力 texlive.org
推荐 Graphviz(dot graphviz 技能 winget install --id Graphviz.Graphviz -e
推荐 mermaid-cli(mmdc mermaid-diagram 技能 PUPPETEER_SKIP_DOWNLOAD=true bun install -g @mermaid-js/mermaid-cli(用系统 Edge/Chrome 需写 puppeteer 配置,见技能内说明)
可选 多模态 LLM 图像生成后端 infographicsscientific-schematics 两个 AI 绘图专属技能 export OPENROUTER_API_KEY=sk-... 或宿主原生 generate_image 后端;质量评审模型已按 2026-09-10 用户裁定配置(engine/modex-core/contest_models.json,四角色 agnes/agnes-2.5-flash)

[!IMPORTANT]
AI 绘图技能(infographics / scientific-schematics)必须有多模态 LLM 图像生成后端——技能内置 Step 0 强制检测,缺后端会明确报错并给指引,不会用占位图冒充。其余绘图技能全部本地运行、零 API。

一键体检(本机能用哪些绘图技能、缺什么、怎么装):

python academic-toolkit/tools/plotting_env_check.py

验证安装(两种 pytest 口径,唯一真源 = pytest.ini 注释):

# 口径一(仓库根,回归门禁口径):773 passed / 0 failed(与口径二同值)
python -m pytest -q
# 口径二(工具箱内,技能验收基线口径):773 passed / 0 failed
cd academic-toolkit && python -m pytest -q
python tools/check_provenance.py             # → 117/117 UPSTREAM+vendor 台账通过

🛡️ 质量与可信

机制 一句话
🚧 Named Gates paper_consistency · citation_integrity · experiment_reproduc · figure_provenance · compilation_log
🧾 STEP_MANIFEST 每步记录输入/输出哈希、命令、配置、依赖——产物可复现
📜 Provenance 台账 UPSTREAM.md + vendor(pinned commit + license)117/117 校验通过(URL 源强制哈希级 Pinned commit),外部集成的每一行代码都能回答"从哪来"
🎯 私有基准层 真实竞赛题面基准仅本地私有,不入库、不随仓库分发
测试基线 仓库根 773 passed / 0 failed(另 3 skipped:私有资料区缺位语义 skip 2 + 适配器元数据缺席 skip 1;collect-only 776;仓库根与工具箱内同口径)。唯一真源 = pytest.ini 注释;覆盖宿主无关协议(boot/probe/forge)、可选适配器、状态机/门禁/审计
🧬 逐技能 C2 覆盖 技能 100% 登记 catalog 映射(schema 硬校验;含 agent-bootstrap / tool-forge 宿主无关能力);真实执行证据为主,外部依赖项诚实标注 blocked-by-dependency,零伪造
🧩 宿主无关协议 workflow_cli boot/probe/forge + 宿主适配器(可选)+ TOOL_GAP→工具铸造

📁 仓库地图

academic-agent-toolkit/
├── academic-toolkit/     ★ 产品主体  skills · engine · tools · tests
├── capabilities/      能力目录 catalog.json
├── SECURITY.md        安全策略
├── AGENTS.md          Agent 入口:宿主无关驱动协议 + 适配器矩阵
└── CHANGELOG.md       版本记录
🔖 版本与许可证

v2.0.0(2026-09-23) —— 整仓彻底重构:套件目录 科研工具箱/academic-toolkit/ · 技能命名法(139 件改名 + 9 对真重复合并,264→255)· 资产激活机制(asset_catalog 台账 + boot/probe/bootstrap 资产暴露 + 三方对账)· 私有资料区统一 assets-local/ · 第三方子项目独立 third_party/ · 上游 fork vendor/forks/ · 内容融入(287 自查表 / 范文包 / 板块提示词 / 88 色板)· 新增 award-paper-mining破坏性变更,迁移指引见 CHANGELOG.md。(后续技能清洗与 GPL 件 clean-room 收编,现行 tracked 口径 250,见上方徽章。)

v1.3.0(2026-09-22) —— 宿主无关协议(boot/probe/forge + agents/adapters,旧宿主降为可选适配器)· 基线基础设施加固(secret_scan / lint_ratchet / duplicate_assets / 工具冒烟闸 + CI 加固)· 系统性升级五项(实战经验库 / 统一配色 / 技能触发审计)· 华为杯管线补齐(与国赛同构 14 步)· 四批并行收编。

v1.2.0(2026-08-30) —— 三条学术管线 C2 闭环 · 科研绘图域闭环。完整记录见 CHANGELOG.md

范围 许可证
仓库核心(技能/工具/引擎/配置) CC-BY-NC-4.0(+ 附加限制:禁商用 · 禁 AI 训练)
历史基准集(已于 2026-09-19 移除,不随仓库分发) 曾以 CC-BY-4.0 发布
Vendored 第三方组件 随各自许可证,见各目录 UPSTREAM.md / LICENSE

🙏 致谢

本项目的科研绘图与学术能力站在这些优秀开源项目的肩膀上(均为 pinned-commit 集成):
K-Dense-AI/scientific-agent-skills ·
foryourhealth111-pixel/Vibe-Skills ·
synthetic-sciences/openscience ·
wanshuiyin/Auto-claude-code-research-in-sleep ·
cathrynlavery/diagram-design ·
markdown-viewer/skills ·
coleam00/excalidraw-diagram-skill ·
fanbuz/codesucker


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