Bibverify

核验书目记录存在性与元数据一致性，安全整理 BibTeX。

English · 快速开始 · MCP · 参与开发

Bibverify 是一个面向研究者、编辑、自动化流程和 AI 助手的 BibTeX 元数据核验工具。它优先使用 DOI、PMID、PMCID 或 arXiv ID 精确定位记录，再结合标题、作者、年份、期刊与页码等信号评估候选项。

Bibverify 判断的是“已查询数据源中的书目记录与元数据是否一致”，而不是论文结论是否真实、数据是否造假或期刊是否可信。数据库未收录也不等于文献虚构；这类结果会明确标为“未在已查询数据源中检索到”或“需要人工复核”。默认运行不会改写原始 .bib 文件。

主要能力

• 标识符优先：DOI、PMID、PMCID 和 arXiv ID 会走相应平台的精确接口。
• 多数据源：支持 Crossref、OpenAlex、Semantic Scholar、PubMed、Europe PMC、CORE、DBLP、arXiv、bioRxiv 等。
• 可解释匹配：综合标识符、标题、作者、年份、期刊和页码；DOI 指向不同标题时标记为 identifier_conflict，不会用标题搜索掩盖冲突。
• 结构化状态：区分正常无结果、歧义、限流、鉴权失败、网络错误和解析错误；数据源故障不会落入 not_found。
• 非破坏性更新：API 未返回的 abstract、keywords、file、note 及自定义字段不会删除；不同持久标识符绝不自动覆盖。
• 稳健网络层：复用连接，对 429/5xx 自动重试和指数退避，并尊重 Retry-After。
• 本地缓存：成功的 GET 响应可写入有过期时间的 SQLite 缓存；失败响应不会缓存。
• 跨平台文件处理：支持 Windows、macOS 和 Linux；正确处理空格、中文路径、UTF-8 BOM 与 CRLF。
• 适合自动化：提供 JSON 输出、稳定退出码、Python API 和基于官方 SDK 的 MCP 服务。
• 安全输出：使用原子写入；备份保留原始字节与换行，不会悄悄改写源文件。

系统要求

• Python 3.11–3.14
• Windows、macOS 或 Linux
• 访问学术元数据 API 的网络连接

项目的 GitHub Actions 会在三种操作系统和四个 Python 版本上运行测试。

快速开始

安装

命令行工具推荐使用 pipx 或 uv tool，它们会创建独立环境：

pipx install bibverify

uv tool install bibverify

也可以在虚拟环境中安装：

python -m pip install --upgrade bibverify

每个版本还会在 GitHub Releases 提供由对应系统原生构建并冒烟测试的 Windows、macOS 和 Linux 独立程序包。

由 DOI 生成 BibTeX

bibverify doi 10.1038/nature12373 --key example2013

机器可读输出：

bibverify doi 10.1038/nature12373 --json

验证 .bib 文件

先创建配置：

bibverify config init

将 references.bib 放在配置文件旁边，然后运行：

bibverify check --config config.json

也可以直接覆盖输入文件和输出目录：

bibverify check references.bib --config config.json --output-dir bibverify-output

仅查看核验结果、不写任何文件：

bibverify check references.bib --dry-run --json

确认报告后，可显式应用高置信度字段更新；Bibverify 会先做逐字节备份：

bibverify check references.bib --apply

PowerShell 示例：

py -m bibverify check '.\文献\references.bib' --output-dir '.\验证结果'

旧版调用方式仍然可用，但新脚本建议使用子命令：

bibverify config.json
bibverify --doi 10.1038/nature12373 --key example2013

配置

最小配置如下：

{
  "language": "CN",
  "bib_file": "references.bib",
  "encoding": "auto",
  "output_dir": "bibverify-output",
  "user_info": {
    "email": "[email protected]",
    "app_name": "Bibverify"
  }
}

完整示例见 config_template.json。

需要注意的路径规则：

• bib_file 和 output_dir 的相对路径均相对于 config.json 所在目录，而不是当前终端目录。
• 没有设置 output_dir 时，输出写到输入 .bib 文件旁边。
• encoding: "auto" 依次尝试 UTF-8 BOM、UTF-8 和 GB18030，不再用 Latin-1 掩盖未知编码。

API 密钥与邮箱

密钥可以写入本地配置，但更推荐环境变量；这样不会误提交到 Git：

PowerShell：

$env:BIBVERIFY_EMAIL = '[email protected]'
$env:BIBVERIFY_OPENALEX_API_KEY = '...'
bibverify check --config config.json

Bash/Zsh：

export BIBVERIFY_EMAIL='[email protected]'
export BIBVERIFY_OPENALEX_API_KEY='...'
bibverify check --config config.json

查询与匹配设置

{
  "query_settings": {
    "delay_between_requests": 0.5,
    "timeout": 10,
    "connect_timeout": 3.05,
    "read_timeout": 20,
    "max_retries": 3,
    "backoff_factor": 0.5,
    "stop_on_first_match": true,
    "match_threshold": 0.86,
    "ambiguous_threshold": 0.68,
    "auto_update_threshold": 0.92,
    "cache_enabled": true,
    "cache_ttl_hours": 168,
    "cache_path": ".bibverify-cache.sqlite3"
  }
}

connect_timeout 和 read_timeout 分别限制连接与响应读取；兼容字段 timeout 仍保留。match_threshold 控制自动接受候选的最低分，ambiguous_threshold 控制进入人工复核的最低分，auto_update_threshold 进一步限制字段自动更新。阈值越高越保守。cache_path 的相对路径同样相对于配置文件目录。

bioRxiv 官方 details 路由不支持任意标题搜索，因此 Bibverify 只在存在 10.1101/... DOI 时直接查询 bioRxiv；纯标题检索交给 Crossref、Europe PMC 等支持该契约的数据源。

命令行参考

bibverify check [BIB_FILE] [--config PATH] [--output-dir DIR] [--format txt|json|jsonl|csv] [--dry-run|--apply] [--json]
bibverify doi DOI [--key KEY] [--config PATH] [--json]
bibverify config init [--output PATH] [--force]
bibverify doctor [--config PATH] [--json]
bibverify providers list [--json]
bibverify cache clear [--config PATH]
bibverify benchmark [--dataset PATH]
bibverify mcp [--config PATH] [--workspace-root DIR] [--transport stdio|streamable-http]
bibverify agent init [--target generic|codex|claude|cursor]
bibverify skill export [--target ...]

退出码：

使用 --json 时，stdout 只输出 JSON；诊断信息写入 stderr，适合 CI 和脚本解析。

输出文件

以 references.bib 为例：

• bibverify_report_<时间>.<格式>：完整状态、候选、Provider 错误、置信度和字段级来源；支持 txt、json、jsonl、csv。
• references_backup_<时间>.bib：原文件逐字节备份。
• references_updated_<时间>.bib：非破坏性合并后的完整文献库；无更新时不生成。
• references_review_<时间>.bib：歧义、未检索到、数据源不可用、标识符冲突或无效条目；无待复核项时不生成。

报告顶层 complete 仅在所有条目均完成核验时为 true。Provider 限流或网络故障会令其为 false，即使其他来源找到了候选。field_diffs 会记录原值、建议值、来源、置信度、标准化等价性、动作和理由。

可通过 output_settings 分别关闭报告、备份、更新文件或复核文件；--dry-run 会覆盖这些设置并保证零写入。默认只生成建议文件，只有 --apply 会在完成备份后修改源文件。

数据源顺序

静态优先级不是唯一依据：

1. DOI 会提升 Crossref，并先走 DOI 精确接口；可解析但标题明显冲突时停止并报告 identifier_conflict。
2. PMID/PMCID 或生物医学线索会提升 PubMed 与 Europe PMC。
3. arXiv 标识会提升 arXiv。
4. 计算机科学会议和期刊线索会提升 DBLP。

Unpaywall 当前只作为开放获取信息补充，不作为主书目元数据源。Provider 结果会分别标为 matched、no_match、ambiguous、rate_limited、auth_error、network_error、parse_error、provider_error 或 skipped。

MCP 与 AI 助手

Bibverify 使用官方 MCP Python SDK，可运行本地 stdio 或 Streamable HTTP 服务。

stdio：

bibverify mcp --config config.json --workspace-root .

MCP 客户端配置：

{
  "mcpServers": {
    "bibverify": {
      "command": "bibverify",
      "args": ["mcp", "--config", "config.json"]
    }
  }
}

Streamable HTTP：

bibverify mcp --transport streamable-http --config config.json

MCP 默认将配置文件所在目录视为工作区根目录，并拒绝读取该目录之外的配置或 .bib 文件，也拒绝向工作区之外写报告、缓存和更新文件。需要更大的范围时必须在启动服务器时显式传入 --workspace-root。协议协商、Schema、结构化结果、进度和取消由官方 MCP SDK 处理。

提供的工具：

• doi_to_bibtex
• rank_lookup_sources
• explain_update_diff
• verify_bib_file

生成适配 Codex、Claude、Cursor 或通用 MCP 客户端的说明文件：

bibverify agent init --target codex --output .bibverify-agent --config config.json
bibverify doctor --config config.json

Python API

from bibverify.checker import BibTeXChecker

checker = BibTeXChecker("config.json")
summary = checker.run()
print(summary["counts"])

from bib_check import BibTeXChecker 会在 0.3 系列继续兼容，但新代码应使用包内导入路径。

参与开发

git clone https://github.com/Hylouis233/bibverify.git
cd bibverify
python -m venv .venv

激活环境后安装开发依赖：

python -m pip install -e ".[dev]"
python -m pytest
python -m ruff check src tests bib_check.py
python -m ruff format --check src tests bib_check.py
python -m mypy
python -m build
python -m twine check dist/*
python -m bibverify benchmark --dataset benchmarks/cases.json
python -m pip_audit . --strict

CI 会在 Windows、macOS、Linux 和 Python 3.11–3.14 上运行测试，并执行 fixture/golden 测试、lint、类型检查、覆盖率、离线 benchmark、依赖漏洞审计、包构建与 CycloneDX SBOM 生成。GitHub Actions 固定到提交 SHA；MCP Publisher 固定版本并校验 SHA-256。PyPI 发布使用 Trusted Publishing 与默认的数字证明，不在仓库中保存上传令牌。

benchmarks/cases.json 是用于防止匹配策略回归的最小离线标注集，覆盖短标题误匹配、DOI 冲突、预印本标题变体、Unicode/LaTeX 和虚构作者组合。它不是完整科研评测，也不能代表真实世界的最终精确率；欢迎提交更广泛、可再分发的人工标注案例。

引用

如果 Bibverify 对你的研究有帮助，请引用：

@software{bibverify2025,
  title = {Bibverify: A Multi-Platform BibTeX Reference Verification Tool},
  author = {Hong Liu},
  year = {2025},
  url = {https://github.com/Hylouis233/bibverify},
  doi = {10.5281/zenodo.17338090}
}

许可证

MIT License